Die Diözese St. Pölten wurde als josephinische Gründung durch päpstliche Bulle vom 28. Jänner 1785 errichtet. Bis dahin gehörte ihr Gebiet - die Viertel ober dem Wienerwald und ober dem Mannhartsberg Niederösterreichs - zum Bistum Passau.
Vor der Diözesanerhebung gab es bereits in den Stiften theologische Hausstudien; der Säkularklerus erhielt seine Ausbildung an der Wiener Universität und seit dem 16. Jahrhundert am Wiener Jesuitenkolleg St. Barbara. Ab der Mitte des 18. Jahrhunderts wurde den Jesuiten mehr und mehr die Klerusausbildung entzogen. So entstanden 1758 in Wien und 1762 in Enns Priesterseminare. Für Niederösterreich kaufte Weihbischof Anton Franz Marxer 1754 die Herrschaft Gutenbrunn (20 km n.ö. von St. Pölten) und ließ dort ein Alumnat mit Theologiestudium errichten (1767/68). Es fiel zwar zunächst (1783) den josephinischen Generalseminarien zum Opfer, wurde aber 1785 nach St. Pölten verlegt.
In diesem Kloster, dem Haus Wiener Straße 38, gab es vordem bereits ein theologisches Hausstudium, das auch von den benachbarten Chorherrn besucht wurde.
Das OFM-Kloster geht auf das Wirken des hl. Johannes Capestrano zurück und war bald nach 1455 gegründet worden. Aus dieser Zeit stammt noch die Alumnatskapelle, ehemals Presbyterium der Klosterkirche. Am 26. November 1785 wurde dort für die Absolventen des Generalseminars eine Art Pastorallehrgang eröffnet. Nach der Aufhebung der Generalseminarien errichtete Bischof Kerens für die Diözese eine philosophisch-theologische Lehranstalt, die am 14. Oktober 1791 ihren Betrieb aufnahm. Zunächst war sie eine reine Ausbildungsanstalt, gewann aber ab der Mitte des 19. Jahrhunderts zusehends an wissenschaftlicher Bedeutung. Seit 1. September 1971 heißt sie „Philosophisch-Theologische Hochschule der Diözese St. Pölten“. Seit dem Studienjahr1971/72 wird neben der fachtheologischen auch eine religionspädagogische Studienrichtung geführt. Die Studien entsprechen den kirchlichen Normen und der staatlichen Gesetzgebung.